Als die 90er anbrachen, übertraf die Zahl der Computer, die weltweit über das NSFNET miteinander verbunden waren, bei weitem diejenigen im ARPANET. Das ARPANET stellte jetzt nur noch eines von Hunderten ARPA-Internet-Netzwerken dar und zudem einen Dinosaurier, dessen Anpassungsgeschwindigkeit hinter dem des übrigen Internet hinterherhinkte.
Bob Kahn, der einzige noch verbliebene Netwerkguru der ARPA, hatte die Behörde bereits 1985 verlassen. Die jetzigen Leiter der ARPA zeigten sich nicht sonderlich interessiert an Netzwerkentwicklung. Das ARPANET selbst, dessen Betrieb die ARPA jährlich 14 Millionen Dollar kostete, wirkte neben dem schnellen NSFNET geradezu arthritisch.
Das ARPA-Management entschied, das ARPANET habe sich selbst überlebt, und es sei nun an der Zeit, es stillzulegen. Mark Pullen, Programmmanager der ARPA, erhielt den Auftrag das ARPANET außer Dienst zu stellen.
Einen nach dem anderen schaltete Pullen die IMPs und TIPs aus, die immer noch das Kernstück des ursprünglichen Netzwerkes bildeten. Dessen Hinscheiden war von einem Hauch Trauer begleitet, so Pullens Aussage. Mit Ausnahme zweier Rechner, die ans MILNET gingen, wurden alle übrigen Computer auf die regionalen Netzwerke verteilt.
Nach 20 Jahren Wachstum, von Anfangs 4 bis hin zu über 300.000 Hosts, war nun das Ende für das ARPANET gekommen.